Тем более странно говорить о логической непротиворечивости в науке. То, что вы выложили о науке выше, примерно, на уровне представлений середины 20 века, которые уже тогда много критиковали некоторые ученые.
И вы правы, многое, что считается знанием в науке, по сути своей лишь гипотезы. Та же любимая спорщиками гипотеза макроэволюции. Мы ведь ее даже эксперементально проверить не можем. Потому что даже если бы получилось воспроизвести эволюцию эксперементально, это была бы разумная эволюция, созданная разумными существами. В современной науке главное не доказать, а показать, что это работает вот так, даже если мы не знаем почему. Работает - и хорошо, будем пользоваться!